Đặng Trần Thường hổ thẹn ra về, rồi mang khăn gói vào Nam, phụng sự Nguyễn Phúc Ánh (Gia Long), làm đến Bình Lộ Thượng Thư.
Một lần, vì làm gian Sắc phong thần cho Hoàng Ngũ Phúc làm tướng nhà Trịnh vào bậc phúc thần, triều đình kết án phải tội chém. Nhưng rồi Thường lại được tha. Đặng Trần Thường trước có hiềm khích với Lê Chất, nên Chất mới bới những việc sai phạm của Thường như khi ra coi tàu binh ở Bắc Thành, có giấu thuế đầm ao và dinh điền.
Thường lại bị bắt giam. Trong ngục, Trần Thường tỏ ý mỉa mai, đến tai đình thần, nên khi kết án, đình thần xử tội giảo.[tức tùng xẻo]
Tương truyền Đặng Trần Thường ở trong ngục có làm bài Hàn Vương Tôn Phú bằng quốc âm để ví mình như Hàn Tín đời Hán. Khi thay đổi triều đại, (lúc nhà Tây Sơn đổ) Đặng Trần Thường vì mối tư thù cá nhân trước đó với Ngô Thì Nhậm nên đã cho tẩm thuốc độc vào roi mà đánh Ngô Thì Nhậm trước cổng Quốc Tử Giám (Theo Việt Nam sử lược và Quốc Triều chỉnh biên). Câu đối nổi tiếng của 2 ông:
Đặng Trần Thường (mỉa mai):
Ai công hầu, ai khanh tướng, vòng trần ai, ai dễ biết ai
Ngô Thì Nhậm (khảng khái):
Thế Chiến Quốc, thế Xuân Thu, gặp thời thế, thế thời phải thế
(ST)